Erzurum Çifte Minareli Medrese Vakıf Eserleri Müzesi 13.yy’ın son çeyreğinde yapılmıştır. Medrese ilk defa Saltuklu devrinde yapılmaya başlanmış, ana eyvanı hariç diğer bölümleri yıkılmış İlhanlılar
döneminde şimdiki mevcut bina halini almıştır. Osmanlı padişahlarından 4. Murad’ın emri ile bir süre “Tophane” olarak, daha sonra da “Kışla” olarak kullanılan medrese, 1942-1967 yılları arasında Erzurum Müzesi, bir dönem ise hem müze hem de resim sergi salonu olarak hizmet vermiştir. Bugün bu bina Vakıflara bağlı döneminin tarihini ve şehrin dokusuna da vurgu yapan bir müze olarak kurgulanmıştır.
Medresenin korunmasına yönelik restorasyon çalısmaları başlangıç olarak 1930’lu yıllarına dayanmaktadır. Yapı bu tarihlerden başlayarak günümüze kadar bir çok onarım geçirmiştir. Eski Eserler
Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından 1930 ve 1936 yıllarında ve Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 1971, 72, 74, 75, 84 tarihlerinde restore edilmiştir. 2000’li yıllarda yeniden bir
restorasyon çalısması yapılmasına Vakıflar Gene Müdürlüğü’nce faaliyete geçirmiştir. Restorasyon çalısmaları 2011 -2014 yılları arasında devam etmiştir. Yapının aşamalı olarak geçirdiği restorasyon uygulamalarına genel anlamda sadık kalınmıştır.
